Un fichier avec l'extension de fichier PDB est très probablement un fichier créé dans le format de la base de données de programmes utilisé pour contenir des informations de débogage sur un programme ou un module, tel qu'un fichier DLL ou EXE. Ils sont parfois appelés fichiers de symboles.
Les fichiers PDB mappent divers composants et instructions d'un code source avec son produit final compilé, que le débogueur peut ensuite utiliser pour trouver le fichier source et l'emplacement dans l'exécutable où il doit arrêter le processus de débogage.
Certains fichiers PDB peuvent au lieu de cela être au format de fichier Protein Data Bank. Ces fichiers PDB sont des fichiers texte qui stockent les coordonnées concernant les structures protéiques.
D'autres fichiers PDB sont probablement créés au format de fichier Palm Database ou PalmDOC et utilisés avec le système d'exploitation mobile PalmOS. Certains fichiers de ce format utilisent plutôt l’extension de fichier .PRC.
Comment ouvrir un fichier PDB
Différents programmes utilisent leur propre fichier PDB pour stocker les données dans une sorte de format de base de données structurée. Chaque application est donc utilisée pour ouvrir son propre type de fichier PDB. Geneious, Intuit Quicken, Microsoft Visual Studio et Pegasus ne sont que quelques exemples de programmes pouvant utiliser un fichier PDB en tant que fichier de base de données. Radare et PDBparse pourraient également fonctionner pour ouvrir des fichiers PDB.
Certains fichiers PDB sont stockés sous forme de texte brut, comme les fichiers de la base de données de programme de débogage de Geneious, et sont complètement lisibles par l'homme s'ils sont ouverts dans un éditeur de texte. Vous pouvez ouvrir ce type de fichier PDB avec n’importe quel programme capable de lire des documents texte, comme le programme Notepad intégré de Windows. Certains autres visualiseurs et éditeurs de fichiers PDB incluent Notepad ++ et Brackets.
Les autres fichiers de base de données PDB ne sont pas des documents texte et ne sont utiles que s’ils sont ouverts avec le programme auquel il est destiné. Par exemple, si votre fichier PDB est lié d’une manière quelconque à Quicken, essayez d’utiliser ce logiciel pour afficher ou modifier le fichier PDB. Visual Studio s'attend à voir un fichier PDB dans le même dossier que le fichier DLL ou EXE.
Vous pouvez afficher et modifier les fichiers PDB qui sont des fichiers de la banque de données protéiques, sous Windows, Linux et macOS avec Avogadro. Jmol, RasMol, QuickPDB et USCF Chimera peuvent également ouvrir un fichier PDB. Étant donné que ces fichiers sont en texte brut, vous pouvez également ouvrir le fichier PDB dans un éditeur de texte.
Palm Desktop doit pouvoir ouvrir les fichiers PDB au format de base de données Palm, mais vous devrez peut-être d'abord le renommer pour qu'il porte l'extension de fichier .PRC permettant à ce programme de le reconnaître. Pour ouvrir un fichier PalmDOC PDB, essayez STDU Viewer.
Comment convertir un fichier PDB
Il est fort probable que les fichiers de la base de données du programme ne puissent pas être convertis vers un format de fichier différent, du moins pas avec un outil de conversion de fichier standard. Au lieu de cela, si n'importe quel outil qui peut convertir ce type de fichier PDB, ce sera le même programme qui pourra l'ouvrir.
Par exemple, si vous devez convertir votre fichier de base de données PDB à partir de Quicken, utilisez ce programme pour le faire. Toutefois, ce type de conversion est probablement non seulement peu utile, mais également non pris en charge par ces applications de base de données (c’est-à-dire que vous n’aurez probablement pas besoin de convertir ce type de fichier PDB vers un autre format).
Les fichiers de la banque de données protéiques peuvent être convertis en d'autres formats avec MeshLab. Pour ce faire, vous devrez d’abord convertir le fichier PDB en WRL avec PyMOL à partir du Fichier> Enregistrer l'image sous> VRML menu, puis importez le fichier WRL dans MeshLab et utilisez le Fichier> Exporter le maillage sous menu pour convertir finalement le fichier PDB au format STL ou à un autre format de fichier.
Si vous n'avez pas besoin que le modèle soit en couleur, vous pouvez exporter le fichier PDB directement au format STL avec USCF Chimera (le lien de téléchargement se trouve ci-dessus). Sinon, vous pouvez utiliser la même méthode que ci-dessus (avec MeshLab) pour convertir PDB en WRL avec USCF Chimera, puis exporter le fichier WRL en LIST avec MeshLab.
Convertir PDB au format PDF ou EPUB, si vous avez un fichier PalmDOC, est envisageable de plusieurs manières, mais la plus simple consiste à utiliser un convertisseur de PDB en ligne tel que Zamzar. Vous pouvez télécharger votre fichier PDB sur ce site Web pour pouvoir le convertir dans ces formats, ainsi que dans les formats de fichier AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT et autres livres électroniques.
Pour convertir le fichier PDB au format FASTA, vous pouvez utiliser le convertisseur PDB en FASTA en ligne de Meiler Lab.
Il est également possible de convertir des fichiers PDB au format CID (informations cristallographiques) en ligne à l’aide de PDBx / mmCIF.
Lecture avancée sur les fichiers PDB
Vous pouvez en savoir plus sur les fichiers de la base de données du programme de Microsoft, GitHub et Wintellect.
Il y a encore beaucoup à apprendre sur les fichiers de la banque de données sur les protéines; voir World Protein Data Bank et RCSB PDB.
Votre fichier ne s'ouvre toujours pas?
Les fichiers PDB qui ne s'ouvrent pas avec les outils précédents, ne sont probablement pas réellement des fichiers PDB. Il se peut que vous lisiez mal l’extension de fichier; certains formats de fichiers utilisent un suffixe qui ressemble de près à ".PDB" quand ils ne sont vraiment pas liés et ne fonctionnent pas de la même manière.
Par exemple, un fichier PDF est un fichier de document, mais la plupart des programmes ci-dessus ne rendent pas correctement le texte et / ou les images si vous essayez de les ouvrir avec ces logiciels. Il en va de même pour les autres fichiers portant des extensions de fichier épelées de manière similaire, tels que les fichiers PDE, PDE, PDC et PDO.
PBD appartient au programme EaseUS Todo Backup et n’est donc utile que s’il est ouvert avec ce logiciel.
Si vous ne possédez pas de fichier PDB, recherchez l’extension correspondante à votre fichier afin de trouver le programme approprié qui l’ouvrira ou le convertira.
